2012賽季中國足球超級聯賽中，上海申鑫以6勝12平12負的成績排名聯賽第15，後因大連實德併入大連阿爾濱取消資格而得以繼續征戰2013賽季中國足球超級聯賽。[1]
賽季開始前，上海申鑫引進了上海申花隊隊長于濤，亞洲外援澳大利亞的邁克爾·馬羅內，曾獲得巴乙金靴的巴甲射手凱撒等球員增強球隊的實力。[2]此外，出於上海海派文化對藍色的熱衷[3]，上海申鑫2013賽季起的主場球衣改成藍色以強調本土化，並將主場遷回市區，落戶浦東源深體育中心體育場[4]。2013賽季，上海申鑫在艱難中堅定前行，踏踏實實走完了回上海的第二個賽季，上海申鑫以聯賽第七的成績，力壓同城中超兄弟申花和上港，成為2013賽季中超聯賽上海足球版圖上的第一名[5]。
2013年11月3日，中超第30輪，上海申鑫主場2-1擊敗天津泰達最終排名聯賽第7，創造了球隊歷史最佳排名，並且領跑三支上海的中超球隊。[6]